Τα νέα Προγράμματα Σπουδών για τα Θρησκευτικά στο Δημοτικό, το Γυμνάσιο και το Λύκειο δέχτηκαν εμπεριστατωμένη κριτική ήδη από την περίοδο
της πιλοτικής τους εφαρμογής λόγω του λανθασμένου παιδαγωγικού τους προσανατολισμού που ταυτοχρόνως υπήρξε αντισυνταγματικός και παράνομος αφού είναι σαφώς πολυθρησκευτικός αλλά και θεολογικά απαράδεκτος. Παρά την κριτική, με κύρια ευθύνη του ΙΕΠ, το Υπουργείο Παιδείας επιμένει μέχρι σήμερα στην γενικευμένη εφαρμογή τους.
Απέστειλε προς το σκοπό αυτό στα σχολεία φέτος τους Φακέλους Μαθήματος, πλήρεις προχειρότητας, λαθών και περιεχομένου αμφιβόλου ποιότητας. Και για μεν τη νομική πλευρά του θέματος αναμένεται η απόφαση του ΣτΕ – που επιτέλους θα πρέπει να δημοσιοποιηθεί. Οι διδάσκοντες όμως το μάθημα έχουν ήδη λάβει δραστικές αποφάσεις βρισκόμενοι καθημερινά αντιμέτωποι με τα απαράδεκτα Προγράμματα Σπουδών και τους ακόμη χειρότερους Φακέλους που τα συνοδεύουν. Οι περισσότεροι θεολόγοι συζητούν αγανακτισμένοι μεταξύ τους για το περιεχόμενο και την αλλοπρόσαλλη δομή των Φακέλων και ο ένας ρωτά τον άλλο τι εφαρμόζει στην τάξη. Κοινή τακτική των περισσοτέρων η επιλεκτική μόνο χρήση ελάχιστων κειμένων των Φακέλων που προέρχονται από την Αγία Γραφή και την Παράδοση των αγίων Πατέρων.
Το μεγαλύτερο μέρος της διδασκαλίας στηρίζεται στις σημειώσεις που βασίζονται στα προηγούμενα βιβλία. Αυτές δίνονται στους μαθητές είτε σε φωτοτυπίες είτε αντιγράφοντας σε τετράδια από τον πίνακα. Το μάθημα ακολουθεί στο κύριο μέρος του τη δομή και τις ενότητες των παλαιών βιβλίων ενώ η μεθοδολογία των θεματικών ενοτήτων του νέου Προγράμματος Σπουδών απορρίπτεται ως παιδαγωγικά λανθασμένη και θεολογικά αστήρικτη. Φωτοτυπίες αποσπασμάτων των παλαιών βιβλίων ή χωρίων της Αγίας Γραφής μοιράζονται στους μαθητές και η επεξεργασία τους γίνεται στην τάξη ή σε εργασίες των μαθητών στο σπίτι. Οι Φάκελοι Μαθήματος, εάν υπάρχουν και δεν έχουν επιστραφεί στο Υπουργείο, σε πολλές περιπτώσεις μένουν στο σπίτι με προτροπή των ίδιων των διδασκόντων ως αχρείαστοι για την υποστήριξη του διδασκόμενου μαθήματος.
Η πλειονότητα των Θεολόγων αντιστέκεται και αγωνίζεται για τη διάσωση του χριστιανικού θεολογικού μαθήματος των Θρησκευτικών. Έχουν όμως κυριολεκτικά κουραστεί με την ανούσια και ιδεοληπτική στάση του ΙΕΠ και του Υπουργείου Παιδείας που υποκρίνονται πως τα νέα Προγράμματα Σπουδών και οι Φάκελοι που τα συνοδεύουν εφαρμόζονται δήθεν επιτυχώς στα σχολεία. Γιατί απλά αυτό δεν συμβαίνει. Ακόμη και πολλοί από τους καταρχήν θιασώτες των νέων Προγραμμάτων και των Φακέλων, τώρα κρίνουν αυτά ως ακατάλληλα.
Η επανατύπωση των παλαιών βιβλίων και η αποστολή τους στα σχολεία για την επόμενη σχολική χρονιά είναι αυτό που ζητούν οι διδάσκοντες αλλά και οι διδασκόμενοι μαθητές και οι γονείς τους. Τα νέα Προγράμματα Σπουδών έχουν αποτύχει στην πράξη. Δεν εφαρμόζονται ούτε και πρόκειται να εφαρμοστούν όσο κι αν επιμείνει το Υπουργείο Παιδείας στην τακτική του. Εάν το Υπουργείο αποστείλει στα σχολεία τους Φακέλους και για την επόμενη χρονιά –ήδη επανατυπώνει τους Φακέλους του Δημοτικού Σχολείου- απλώς θα δυσκολέψει τη ζωή των διδασκόντων και θα επιτείνει την αντίδραση Θεολόγων, Δασκάλων και των γονέων των μαθητών. Δεν πρόκειται όμως να επιτύχει την εφαρμογή τους. Γιατί η εφαρμογή ενός Προγράμματος Σπουδών δεν είναι αποτέλεσμα υπουργικών αποφάσεων και υπηρεσιακών εντολών τύπου «εντέλλεσθε», χωρίς να λαμβάνεται υπόψη η επιστημονική και παιδαγωγική άποψη των διδασκόντων. Πολύ δε περισσότερο στην περίπτωση του μαθήματος των Θρησκευτικών όταν το Σύνταγμα σαφώς επιφορτίζει τους διδάσκοντες με την ευθύνη της καλλιέργειας της θρησκευτικής συνείδησης των μαθητών τους.