Η δημοσίευση των Φακέλων Μαθήματος για τα Θρησκευτικά επιβεβαίωσε, όπως ήταν αναμενόμενο, την μεγάλη αλλαγή του μαθήματος των Θρησκευτικών που οδηγεί σε σύγχυση και ανατρέπει εκ βάθρων το
περιεχόμενο και τον τρόπο διδασκαλίας του μαθήματος. Οι Φάκελοι Μαθήματος, με υπερβολικό αριθμό σελίδων ο καθένας, είναι συλλογές υλικού (κείμενα, ποιήματα, τραγούδια, φωτογραφίες, κ.α.) που έχει συνταχθεί από ποικίλους συγγραφείς και παρατίθεται χωρίς συνοχή και λογική σειρά. Τα κείμενα της Αγίας Γραφής και των Αγίων Πατέρων διαδέχονται κείμενα και τραγούδια κοσμικών συγγραφέων και καλλιτεχνών, άγευστα της ορθόδοξης θεολογίας και ζωής.
Η πνευματική ζωή συγχέεται με τις κοσμικές αντιλήψεις για όλα τα ζητήματα, οι θρησκείες της πλάνης αντιμετωπίζονται εξισωτικά με την αποκαλυφθείσα Αλήθεια του Τριαδικού Θεού.
Πέραν όμως του πλήθους προβληματικών στοιχείων των Φακέλων Μαθήματος υπάρχει μία σοβαρότατη δομική και ουσιαστική αλλαγή όλου του περιεχομένου του. Την είχε περιγράψει πολύ εύστοχα ο Μητροπολίτης Ναυπάκτου Ιερόθεος και τώρα επιβεβαιώνεται πλήρως. Έγραφε ο Μητροπολίτης Ιερόθεος: «Πρέπει νά ὑπογραμμισθῆ ὅτι τό προηγούμενο Πρόγραμμα ἦταν Ἀναλυτικό, ὅπως ἴσχυε, κατά τούς εἰδικούς, ἐδῶ καί 2.500 χρόνια στόν χῶρο μας, δηλαδή σέ αὐτό τό Πρόγραμμα ὑπάρχει μιά ἱστορική δόμηση τῆς ὕλης τῶν μαθημάτων ἀπό τήν ἀρχαία ἐποχή μέχρι σήμερα.
Γιά παράδειγμα, γιά τό μάθημα τῶν Θρησκευτικῶν ἀρχίζει ἡ διδασκαλία ἀπό τήν Παλαιά Διαθήκη, προχωρεῖ στήν ἵδρυση τῆς Ἐκκλησίας, καταγράφει ὅλα τά ἐκκλησιαστικά γεγονότα, ἀντιμετωπίζει τίς ἄλλες Ὁμολογίες καί Θρησκεῖες καί φθάνει μέχρι τήν ἀντιμετώπιση συγχρόνων θεμάτων.
Ὅμως, τό Πρόγραμμα Σπουδῶν πού εἰσήχθη στά Σχολεῖα μέ ὑπουργική ἀπόφαση, τόν Σεπτέμβριο τοῦ 2016, ἀνατρέπει αὐτήν τήν ἀναλυτική μεθοδολογία καί εἰσάγει τήν θεματική μεθοδολογία, σύμφωνα μέ τήν ὁποία τό μάθημα διδάσκεται κατά θέματα, γιά παράδειγμα, τί εἶναι ἡ προσευχή καί πῶς προσεύχονται οἱ ὀπαδοί διαφόρων θρησκειῶν. Πρόκειται γιά μιά μεγάλη ἀλλαγή πού ἐπιφέρει τήν σύγχυση καί ἀνατρέπει τόν τρόπο διδασκαλίας στό μάθημα τῶν Θρησκευτικῶν».